Väitöstilaisuus Oulun yliopistossa

Väittelijä

Master of Science Leonardo Garma

Tiedekunta ja yksikkö

Oulun yliopiston tutkijakoulu, Biokemian ja molekyylilääketieteen tiedekunta, Biokemia

Oppiaine

Biokemia

Väitöstilaisuus

18.8.2017 12:00

Väitöstilaisuuden paikka

Kontinkangas, biokemian ja molekyylilääketieteen tiedekunnan luentosali F101, Aapistie 7C

Aihe

Rakenteeseen perustuvat bioinformatiikkatyökalut proteiinien vuorovaikutusten luokitteluun ja vertailuun
Structural Bioinformatics Tools for the Comparison and Classification of Protein Interactions

Vastaväittäjä

Professori Mark Stuart Johnson, Åbo Akademi

Kustos

Tohtori André Juffer, Oulun yliopisto

Tietotekniset työkalut ennustamassa proteiinien toimintaa molekyylirakenteeseen perustuen

Proteiinit muodostavat molekyylirakenteen, joka ohjaa jokaista elävää solua. Niiden monimutkainen rakenne edesauttaa kemiallisia reaktioita, jotka ovat tarpeen sekä solujen selviytymisessä että lisääntymisessä. Proteiinien kemiallisen koostumuksen, rakenteen ja toimintatarkoituksen ymmärtäminen on yksi perimmäisistä kysymyksistä molekyylibiologiassa ja biokemiassa.

Uusien löydettyjen proteiinien tutkimus on pitkä ja monimutkainen prosessi, joka paljastaa toisinaan vain osia niiden toiminnoista. Tietoteknisiä työkaluja voidaan käyttää tämän prosessin kiihdyttämiseen simuloimalla proteiinien käytöstä tai vertaamalla eri osa-alueita uusista ja jo tunnetuista proteiineista.

Tämä väitöskirja käyttää hyväkseen tietoteknisiä työkaluja tarjotakseen uuden lähestymistavan proteiinirakenteiden vertailuun keskittymällä pääasiassa niihin proteiinien osiin, jotka toimivat vuorovaikutuksessa muiden molekyylien kanssa. Näiden työkalujen soveltaminen osoittaa, että ne voivat olla hyödyllisiä tutkittaessa vasta löydettyjen proteiinien toimintaa käyttäen hyväkseen pelkästään rakenteellista informaatiota.

Väitöskirja

Viimeksi päivitetty: 13.8.2017